（Annual Review 免疫1997より）
MHCクラスII分子
モチーフの決定法*
アンカー残基の位置**
各アンカー残基のおいて許容されるアミノ酸（モチーフ）***
A
B
C
D
E
DR1(DRB1*0101)
P
xAxxxxxxxBx
L,I,V,Y
L,I,V,F,A
-
-
-
DR1(DRB1*0101)
Φ,S
AxxBxCxxD
Y,F
M,L
A,G,S
L,M,A
-
DR3(DRB1*0301)
S
xABCxDx
L,I,V,Y
A,I
N,K,E,T
K,R,H
-
DR3(DRB1*0301)
S
xxAxxBxxx
L,I,V
D,E
-
-
-
DR4(DRB1*0401)
Φ,S
AxxBxCDxx
W,Y
D,M,Q,S,E
T,S,N,V
L,Q,M,N
-
DR4(DRB1*0402)
S
AxxBxCDxx
I,L,M,F,V
W,H,R,K
T,V,N,S,R
R,W,Q,L
-
DR4(DRB1*0405)
S
xxAxxBxCxx
W,F,M,Y,I
F,L,I,Y,W
N,D,T
-
-
DR4(DRB1*0406)
S
xxAxxBxCxx
F,I,L,M
L,I,M
N,S,Q
-
-
DR11(DRB1*1101)
Φ,S
AxxBxCxxx
W
M,V,L
R,K
-
-
DR7(DRB1*0701)
S
xxAxxBxxxxC
Y,F
Q,N,L,T
L,I
-
-
DQ2(DQA1*0501-
DQB1*02)
S
xxAxxBxxCxD
F,S
V,E,D
E,D
Y,F,L,M
-
DQ4(DQA1*0301-
DQB1*0401)
Φ,S
xxxxAxxxxxxxxBx
L,I,V,W,F,M,Y,A,P,G
P,L,I,M,H,V
-
-
-
DQ7(DQA1*0301-
DQB1*0301)
S
xxABCDExx
R,K,D,E,P以外
R,K,D,E以外
A,G,S,T
D,E以外
A,V,L,I
DQ8(DQA1*0302-
DQB1*0302)
Φ,S
xxxxAxxBxxxCxxx
未定
未定
C,A,P以外
-
-
DQ9(DQA1*0302-
DQB1*0303)
Φ,S
xxxxAxxBxxxCxxx
未定
未定
R,T,V,L,I,F,M,Y,W
-
-
I-EK
AxxBxCxxD
I,L,V,F,Y,W
I,L,V,F,S
Q,N,A
K,R
-
I-Ed
AxxBxCxxD
W,Y,F,I,L,V
K,R,I
I,L,V,G
K,R
-
I-Eb
AxxBxCxxD
W,F,Y
L,I,F,V
Q,N,A
K,R
-
I-Es
AxxBxCxxD
L,I,V
L,I,V
Q,N,
K,R
-
*
P：MHC-II結合性ペプチドを溶出しプールしたものをEdman分解によりアミノ酸配列を決定 Φ：ファージランダムペプチドライブラリーを用いて解析 Ｓ：合成ペプチドのMHC-II分子への結合を調べることにより決定
**A,B,C,D,E：MHC分子への結合に重要なアンカーアミノ酸残基 ｘ：不特定のアミノ酸残基
***グレーで示したアミノ酸は、結合親和性が低いことを意味する。